順昌二賢書院的前身為雙峰書院。

據(jù)《八閩通志》載：“雙峰書院，在縣西。宋咸淳九年（1273），邑人廖邦杰持福建閩海道僉憲節(jié)始建”這是順昌縣縣城內(nèi)的第一所書院。廖邦杰，順昌人，字懷英。在宋淳祐年間（1241—1252）他出任建寧縣知縣，任職期間政績頗多，修建學(xué)校，增加學(xué)糧，開辟貢士莊，設(shè)仁壽廬，同時格外注重保留歷史文化，組織修訂圖籍。在順昌縣名勝龍頭巖上，至今留有他的手書摩崖石刻“龍頭巖”三字。他深深地認(rèn)為先賢優(yōu)良的德行是可以為后世樹立榜樣的，而如果長時間沒有祭祀和紀(jì)念，這些品德可能會被遺忘或丟失，所以急需采取措施來確保這些優(yōu)良的德行得以傳承和發(fā)揚。宋咸淳年間（1265—1274），廖邦杰以參軍身份兼管軍隊事務(wù)，在家鄉(xiāng)順昌縣創(chuàng)辦雙峰書院。因為社會教化是書院不可或缺的一項重要功能，所以書院祭祀對象的確定和祭祀活動的進(jìn)行，都要體現(xiàn)儒家的價值理念和精神追求。南宋時期，理學(xué)學(xué)派林立，理學(xué)家們紛紛于所在的書院內(nèi)增設(shè)專門的祠堂祭祀與本學(xué)統(tǒng)直接相關(guān)的學(xué)士，形成了各有特色的書院學(xué)祀制度。此時順昌的雙峰書院內(nèi)四賢祠堂就祀有楊時、朱熹、廖剛、廖德明四賢?？上Р坏绞?，書院毀于戰(zhàn)火，地基竟被地方官據(jù)為私宅。元至正二十九年（1292），判官毋逢辰公正執(zhí)法，下令在原址恢復(fù)重建雙峰書院，四位先賢的塑像簡單安置在后堂。

元延祐二年（1315）臘月，邑尹張元亨力排眾議，毅然主持修復(fù)書院，并新建祠堂以置放四賢塑像?！坝谑侵螘褐畺|鼎建三門，名曰師交淵源之堂；面創(chuàng)拜亭，名曰道南。左聆弦歌之音，右仰河海之容?！奔丛跁旱臇|面修建了三道門，并命名為“師交淵源之堂”。在堂前建一個祭拜的亭子，命名為“道南亭”。在這個位置，人們即可以聽到左側(cè)傳來的學(xué)習(xí)之音，同時又可以抬頭看到右側(cè)廣闊的山河景色。以上出自元延祐三年（1316），雙峰書院的山長陳棠，請時任延平路儒學(xué)教授的黃文仲作《順昌雙峰書院新建四賢堂記》所載。記中還詳細(xì)論述了四賢堂的重要性：“凡書院皆為先賢作也。先賢能傳先圣之道，以植世教，故師之”順昌人才輩出，“高峰（廖剛）學(xué)于龜山（楊時），槎溪（廖德明）學(xué)于晦庵（朱熹），故順昌人亦多稱為四賢。”此四賢深受順昌士人景仰?！暗撬固?，睹斯像，知此為四賢，則知所敬，知所敬則知所學(xué)，知所學(xué)則知所祖宗”意為學(xué)子登臨四賢堂，就知道應(yīng)尊敬什么；知道應(yīng)尊敬什么，就知道應(yīng)學(xué)習(xí)什么；知道應(yīng)學(xué)習(xí)什么，就知道什么是道統(tǒng)。在書院內(nèi)祭祀本學(xué)派的先師先儒，體現(xiàn)了學(xué)術(shù)傳承，也是道統(tǒng)意識的體現(xiàn)。在這種努力之下，全社會都掀起了尊師重道之風(fēng)。

明天順初年(約1460)，通判宋璽到這里拜謁，讓書院增祀李侗、羅從彥，由此稱為“六賢書院”。明憲宗時期(1465-1488)，書院破敗傾毀。明成化六年(1470)十二月，福建副使何喬新游歷到此，看到祠堂現(xiàn)狀，于是立即幫助籌劃錢財，命縣丞趙璽、訓(xùn)導(dǎo)張宸等人督工在故址上重建書院。在書院損壞的地方并建了三間正祠，祠堂前新建了三間前廳，規(guī)模宏偉壯麗。新建的正祠仍祀廖剛、廖德明、楊時、朱熹、李侗、羅從彥六人，可謂鴻儒薈萃、群星璀璨。之后提學(xué)僉事游明撰寫的《順昌縣重建六賢祠記》有記，“晦庵之學(xué)得之李延平，延平之學(xué)得之羅豫章，豫章龜山之高徒皆茲郡之先賢也，斯堂既以師友淵源名，而羅李二賢乃見遺焉，得非缺典乎？若合而祀之，以補昔者之未備于禮亦宜?！奔粗祆鋷煆睦疃保疃庇謳煆牧_從彥，這個祠堂既以師友淵源來建，就應(yīng)把羅從彥、李侗兩位也合祀進(jìn)來，以補過去禮數(shù)上的不完備。記中曰：“師友之相授受，道學(xué)之相繼承，其嘉言善行皆鄉(xiāng)人之所傳誦而稔聞，有不待旁搜博采而知也，今而合祀于一祠，固以表見是邦古者之多賢……”簡單來說，就是師友間相互傳授接受，道學(xué)上相互繼承，他們的高尚言行都被鄉(xiāng)里的人傳誦而熟知，現(xiàn)合祀在同一個祠堂里，就更能表現(xiàn)此地有諸多先賢。這樣秩序井然的書院精神環(huán)境，既可強化保護(hù)意識，又可以加強學(xué)術(shù)氛圍，可謂明智之舉。明成化年間順昌籍進(jìn)士廖中有詩《六賢名祠》贊曰：“吾道云南豈偶然，中原一脈得真?zhèn)鳌Ｕ鎸ぴ次瘒?yán)鄉(xiāng)祀，千古高風(fēng)障百川。”

明正德十五年(1520)，順昌知縣馬性魯將六賢書院遷移到資勝寺舊基上，易名為二賢書院，祀高峰、槎溪先生，并令廖氏裔孫廖光祖主持奉祀。明正德《順昌邑志》記載:“二賢書院在縣治西。正德十五年（1520）知縣馬性魯革毀資勝祠基改建，正堂五植，后寢廳一間，東西廊房各四植，堂西空地為園。儀門三植，祀高峰、槎溪先生?！边@是因為書院有史以來修葺也好、重建也罷，如此反復(fù)，卻總是難以為繼。對學(xué)子和百姓來說,追其遙遠(yuǎn)的“師門”“道統(tǒng)”,不如書院能固定下來由專人負(fù)責(zé)顯得更為迫切。因此書院拋開道統(tǒng)譜系的束縛,僅祀順昌籍名士——廖剛、廖德明二人，并命廖氏子孫后代維持，這樣書院才能保持良久，可謂用心良苦,目的明確。

到清代，二賢書院因講學(xué)的場所太小已不夠容納日益增多的學(xué)員，故清乾隆十四年（1749），署令張元芝在縣治右創(chuàng)建華陽書院，這是官辦的最高學(xué)府，也是順昌縣內(nèi)規(guī)模最大的書院。清光緒三十年(1904)，將華陽、六賢（即二賢）書院共同改辦，設(shè)順昌縣高等小學(xué)?，F(xiàn)如今書院已無跡可考，但順昌縣尊師重道早已蔚然成風(fēng)。